يستخدم علم الأحياء الدّقيقه في شتى مناحي الحياة، مثل

1‏ أساس علم الباثولوجيا (علم الأمراض).
2‏ استخدامات عسكرية في صناعة الأسلحة البيولوجية.
3‏ إنتاج واستحداث المضادّات الحيويّة.
4 صناعة وتطوير اللّقاحات.
5‏ بعض الصّناعات.
6‏ الإلمام بهذا العلم يساعد على حماية الإنسان والنّبات والحيوان من أخطار هذه الكائنات الدّقيقة.
7‏ استخدام بعض الأنواع للقضاء على أنواع أخرى غير مرغوب فيها أو مسبّبة في أضرار للإنسان أو المحاصيل عن طريق المحاربة الهستونية.
8‏ تساعد علماء الهندسة الوراثيّة والتّعديل الجيني في فهم طبيعية الحمض النووي dna و rna.
9‏ تساعد علماء التّطور الطّبيعي في معرفة ومتابعة مسالك وطرق التّطور الّتي أخذتها الحياة على الأرض.